Softscope
Digitalisierung der Fluoreszenzmikroskopie zur qualitativen und quantitativen Strukturaufklärung

Auf einen Blick
- Projektleiter/in : Dr. Robert Vorburger
- Co-Projektleiter/in : Dr. Nadina Müller
- Stellv. Projektleiter/in : Dr. Mathias Kinner
- Projektteam : Adrian Busin
- Projektvolumen : CHF 34'000
- Projektstatus : abgeschlossen
- Drittmittelgeber : Interne Förderung
- Kontaktperson : Robert Vorburger
Beschreibung
Bildgebende Verfahren (Fotografie, Mikroskopie, Tomographie,
etc.) sind in den Life Science schon längst nicht mehr wegzudenken.
Eine manuelle Auswertung der Bilder ist nach wie vor schwierig zu
reproduzieren, aufgrund der hohen Anzahl hochaufgelöster Bilder
zeitlich auch praktisch nicht mehr machbar und statistisch selten
aussagekräftig. Software zur (semi-)automatischen Auswertung von
Bildern muss aber meist anwendungsspezifisch entwickelt werde. Die
Fachstelle Knowledge Engineering (FS KE) des IAS möchte die
digitale Bildauswertung daher als Kernkompetenz verstärkt auf- und
ausbauen mit dem Ziel, diese Kompetenz zum Nutzen aller Institute
am Departement zur Verfügung zu stellen. Im Rahmen der
Digitalisierung ist die Bildanalyse/-auswertung zudem eine
Schlüsselkompetenz, die zurzeit noch zu wenig vorhanden ist, aber
für die Umsetzung der strategischen Ziele benötigt wird.
Die Forschungsgruppe Lebensmitteltechnologie (FG LMT) des ILGI
möchte zukünftig für die Strukturaufklärung von Lebensmitteln neben
Lichtmikroskopie auch Fluoreszenzmikroskopie einsetzen. Die
Auswertung der Mikroskopie-Bilder ist nur optisch hinsichtlich
qualitativer (Stärke, Protein, …) und quantitativer Aspekte
(Lokalisation) möglich. Diese Art der Auswertung ist von der
ausführenden Person abhängig und daher schwer reproduzierbar. Das
neu angeschaffte Mikroskop der FG LMT ist komplett digital, was den
Einsatz einer Auswertungssoftware ermöglicht. Insbesondere im
Hinblick auf eine standardisierte, (semi-)automatische Auswertung
(und somit reproduzierbare Studien) soll der Prozess der
Bildauswertung digitalisiert und gleichzeitig individualisierbar
werden. Für die FG LMT bedeutet dies einen eindeutigen Vorsprung im
Vergleich zu andern Forschungsinstitutionen in der
prozessbegleitenden Analytik und somit klare Unterstützung in der
Erreichung der strategischen Ziele.
Das neue Mikroskop der FG LMT und deren Bedarf an einer
spezifischen Auswertungssoftware bieten einen idealen Use-Case für
den geplanten Kompetenzausbau des IAS. Von einer längerfristigen
Zusammenarbeit zur Digitalisierung der Prozesse profitieren beide
Institute dauerhaft.