Die Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften (ZHAW) hat den Auftrag das Sekretariat der VBPhy zu führen. Sie organisiert periodisch Fachsitzungen, an denen Vertreter des BAFU, des BLW, der kantonalen Fachstellen für Bodenschutz bzw. der vier Regionalgruppen des Cercle Sol, der Eidgenössischen Forschungsanstalten, der Nationalen Bodenbeobachtung und der Bodenkundlichen Gesellschaft der Schweiz teilnehmen. Zudem zieht Sie zu spezifischen Themen der angewandten, vollzugsorientierten Bodenphysik externe Experten hinzu.
Die ZHAW erstellt nach Absprache mit der Steuerungsgruppe, bestehend aus Präsidium und dem Vertreter des BAFU, die Traktandenliste, lädt Referenten ein und verschickt die Einladungen. Von jeder Sitzung erstellt die ZHAW ein Protokoll. Als Austauschplattform der Fachgruppe wird das Forum Cercle Sol benutzt, wo alle relevanten Dokumente der VBPhy gespeichert werden. Zudem unterstützt die ZHAW die VBPhy bei der Umsetzung von internen Projekten.