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Referenzprojekte

Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie

XhortOMICs: Diagnostische und epidemiologische Hilfsmittel für die Xanthomonas hortorum Spezies Gruppe

Bakterien des vielfältigen Genus Xanthomonas können verschiedene Pflanzenkrankheiten in ökonomisch wichtige Pflanzen verursachen. Einer der Bakterienarten, welche in letzten Jahren in Feldproben vermehrt identifiziert wurde, ist Xanthomonas hortorum. Die Zunahme der von diesem Bakterium verursachten Krankheiten zeigt, dass wir dringend sowohl ein vertieftes Wissen über dieses Pflanzenpathogen als auch eine verbesserte Diagnostik für seine Detektion brauchen. Letzteres benötigt eine genauere Kenntnis der genetischen Diversität und eine robustere taxonomische Beschreibung dieser Bakterienart auf Subspezies-Ebene, was nur mit Genomsequenzierung von möglichst vielen Isolaten unterschiedlicher Wirtsspezifizität («Pathovars») erreicht werden kann. Die im Projekt gewonnenen Daten werden zudem Informationen über jene Gene liefern, welche die Spezifizität der einzelnen Pathovars steuern.

Wir werden die Resultate aus unserer Studie regelmässig an Meetings dieser COST Action präsentieren. Daneben werden wir auch einen Weiterbildungskurs anbieten, um MALDI-TOF MS Identifikation und Diagnostik-Methoden wie qPCR und LAMP an Forscher und weitere Interessenten zu vermitteln. Dieses Projekt ist Teil der COST Action CA16107 – «EuroXanth: Integrating science on Xanthomonadaceae for integrated plant disease management in Europe», in dem die Gruppe Umweltgenomik eine der Arbeitsgruppe (WG2) leitet.

Projektpartners: Université Lyon 1 (FR), INRA Angers (FR), Flanders research institute for agriculture, fisheries and food ILVO (BE), COST Action CA16110 EuroXanth partners.
Auftraggeber: SNF, Grant IZCOZ0_177064
Laufzeit: 2018-2021
Weitere Informationen: COST Action CA16107EuroXanthWG2

DROPSA

Vergleich der Genabfolge in unterschiedlichen P. syringae pathovars.

DROPSA ist ein vierjähriges Projekt, an dem 26 Partner aus Europa, Asien, Neuseeland und Nordamerika beteiligt sind. Im Fokus des Projekts stehen die für die Fruchtproduktion neuartigen Bedrohungen durch die Kirschessigfliege (Drosophila suzukii), sowie die bakteriellen Krankheitserreger Pseudomonas syringae pv. actinidiae, Xanthomonas fragariae und X. arboricola pv. pruni. Diese Pathogene sind von Bedeutung, weil sie weder ausgerottet noch eingedämmt werden können. Deshalb ist die Entwicklung von gezieltem, integriertem Pflanzenschutz (IPM) notwendig, um die wirtschaftlichen Auswirkungen auf die Fruchtproduktion im EU-Raum so gering wie möglich zu halten.

Die Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie leitet sowohl das Arbeitspaket Nr. 3 über Biologie und Epidemiologie der bakteriellen Krankheiten als auch die Aufgabe 3.2 “Pathogen source-tracking and evolutionary risks” und die Aufgabe 3.5 “Pathogen interactions with insect pollinators and Drosophila suzukii”. Zu diesem Zweck haben wir mit Hilfe der komparativen Genomik einen vor Ort anwendbaren Werkzeugsatz für die Detektion von drei bakteriellen Pathogenen entwickelt (Bühlmann et al., 2013; Gétaz et al., 2017; Ruinelli et al., 2017). Zudem haben wir auch Werkzeuge für die epidemiologischen Herkunftsanalyse von X. fragariae bereitgestellt, mit dem Ziel Inokulumsquellen und Invasionsrouten zu identifizieren.


Projektpartner: 26 Partner weltweit
Auftraggeber: EU 7th Framework Programme, Grant 613678
Laufzeit: 2014-2017
Weitere Informationen: DROPSA website - Poster - Brochure - Video