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Studium und Weiterbildung

Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie

Produktion von Pyoverdine durch zehn unterschiedlichen Pseudomonas Stämme (Bild: J. Meyer).
Laboranalyse von Bodenproben

Module

Die Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie ist in die Gestaltung der folgenden Module involviert. Beide Module sind im Minor Felddiagnostik und Analytik integriert, können aber auch unabhängig davon besucht werden.

Biosynthese und -analytik (BSA, 3. Semester Umweltingenieurwesen)

Lebenswichtige Prozesse wie Wachstum, Energieerzeugung, Reproduktion, Pathogenabwehr usw. lassen sich nur erklären, wenn die zugrunde liegenden biochemischen Bausteine und Prozesse bekannt sind. Erst durch die Kombination von Biologie, Chemie und Physik lässt sich verstehen, wie Lebensprozesse auf zellulärer und subzellulärer Ebene ablaufen und gesteuert werden. Anhand von Theorie und Praxis im Labor wird vermittelt, wie Organismen chemisch funktionieren und wie biochemische Fragestellungen im Labor experimentell und methodisch untersucht werden können.

Modulbeschrieb (PDF 41,2 KB)

Molekularbiologische Analyse und Anwendung (MBAA, 4. Semester Umweltingenieurwesen)

Molekularbiologische Diagnostik- und Analysemethoden kommen in verschiedenen Gebieten der Naturwissenschaften zunehmend zum Einsatz und gewinnen an praktischer Bedeutung. Ziel dieses Moduls ist es, die Methoden und Vorgehensweisen kennenzulernen und in der Praxis anzuwenden. Die Studierende erhalten einen Überblick über die Anwendungen im Natur- und Umweltschutz, in der Landwirtschaft und in Ökotechnologien. Analysemethoden sowie die Bewertung von Ergebnissen werden ebenfalls vermittelt.

Modulbeschrieb (PDF 45,8 KB)

Semesterarbeiten

Im Themenbereich der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie sind bisher die nachfolgenden Semesterarbeiten abgeschlossen worden:

  • Nora Vogel (2018): Gentiana sp. - Genetische und phänotypische Untersuchungen im Jurapark Aargau.
  • Mirjam Kurz (2018): Molecular analysis of the distribution of two ancestral populations of Erwinia amylovora in Europe using CRISPR data.
  • Alexia Roschi (2017): Molekularer Nachweis der Streptomycinresistenz im Feuerbranderreger Erwinia amylovora.
  • Mireia Marcé Escursell (PDF 210,6 KB) (2016): Differential fitness of Erwinia amylovora isolates carrying different variants of the rpsL gene leading to high level of streptomycin resistance.
  • Priska Stierli (2016): Vergleich und Charakterisierung von Genomsequenzen der neuen Spezies Erwinia gerundensis.
  • Nicola Rhyner (2016): Application of MALDI-TOF mass spectrometry profiling for inter- and intrapopulation discrimination of Orchidaceae.
  • Sarah Schuhmacher & Dominique Wildi (2015): Quantifizierung der mikrobiellen Populationen in der Rhizosphäre von Weizen.

Bachelorarbeiten

Im Themenbereich der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie sind bisher die nachfolgenden Bachelorarbeiten abgeschlossen worden:

  • Daniela Lüthi (2017): Comparative genomics of Collimonas sp. CCOS 246 to related species.
  • Mathieu Robin (2015): Genetischer Verbissnachweis.
  • Yvonne Bollinger (2014): Gestaltung von Platzpärken am Beispiel des Vulkanplatzes in Zürich.
  • Joël Wieser (2014): Untersuchung des Lebensraumtyps der einheimischen Orchidee Serapias vomeracea (Pflugschar-Zungenstendel).

Masterarbeiten

Im Themenbereich der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie sind bisher die nachfolgenden Masterarbeiten abgeschlossen worden:

  • Nadine Antenen (2017): The impact of hydropower on microbial diversity and community structure in floodplains. [Kollaboration mit Forschungsgruppe Ökohydrologie]
  • Julia Eichmann (2016): Expression analyses of selected genes of Vitis vinifera during early infection stages of its major pathogens Plasmopara viticola and Botrytis cinerea. [Kollaboration mit Forschungsgruppe Weinbau]

Doktorarbeiten

Im Themenbereich der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie sind bisher die nachfolgenden Doktorarbeiten abgeschlossen worden:

  • Michela Ruinelli (2017): Genomic investigations of members of the Pseudomonas syringae species complex associated with Prunus spp. and kiwifruit.

Weiterbildung

FLASH-SAMBA Applied Microbial Genomics course, Curitiba (Brasilien), 07.11-11.11.2016

Im Rahmen des FLASH Forschungsprojektes «Sepsis-Associated Microorganisms in Brasilian Ambulatories (SAMBA)» findet von 7. bis 11. November 2016 an der Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUCPR) in Curitiba der Kurs «Applied Microbial Genomics» statt. Dr. Fabio Rezzonico und Dr. Theo Smits aus der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie leiten diesen Kurs zusammen mit Dr. Marcello Pillonetto, Professor für klinische Mikrobiologie an der PUCPR. Der Kurs richtet sich an Studierenden und Forschenden, die sich für die Anwendung der Bioinformatik in genomischen Studien von mikrobiellen Krankheitserregern interessieren. Das FLASH-SAMBA Forschungsprojekt wird finanziert vom FLASH Research Programme des EPFL Leading House, innerhalb des 2013-2016 Brasilianisch-Schweizerisches Joint Research Programme (BSJRP) unter dem Mandat des Staatssekretariats für Bildung, Forschung und Innovation SBFI.

Beitrag zum Kurs auf ZHAW Webseite