Prof. Dr. Thomas Ott

Arbeit an der ZHAW

Tätigkeit

Institutsleitung Institut für Computational Life Sciences

Arbeits- und Forschungsschwerpunkte

Bio-inspired Computing, Applied Neuroinformatics (Pattern Recognition, Machine Learning), Modelling of Complex Systems Forecast methodologies for traffic and logistics Digital Health Assistance Systems

Lehrtätigkeit

• Systeme und Modelle der Physik (BSc ADLS)
• Optimisation Methods and Bio-inspired Algorithms (MSc Life Sciences ACLS)

Netzwerk

Mitglied in Netzwerken

• IEICE: Institute of Electronics, Information and Communication Engineers of Japan
• ZHAW Datalab
• ZHAW Digital Health Lab
• Swiss Statistical Society
• LZSBN Life Sciences Zurich Business Network
• Biotechnet Switzerland

ORCID digital identifier

ORCID ID: 0000-0003-1635-7816

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Projekte

• Morphological Marker Assisted Breeding and Selection (MoMABS) beim Pfirsich / Projektleiter:in / laufend
• Shapescience – AI for morpholigcally based fruit variety recognition / Projektleiter:in / laufend
• Stability of self-organizing net fragments as inductive bias for next-generation deep learning / Teammitglied / abgeschlossen
• An experimental framework to allow evidence-based sustainability policymaking / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Extension SARS-CoV-2 Interventionsmodellierung / Teammitglied / abgeschlossen
• Predictive Analytics for Hospital Supply Chain Management / Projektleiter:in / abgeschlossen
• PiaBreed: Machine Learning zur automatisierten Ovulations- und Geburtsüberwachung am Pferd / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Fighting bites with bytes: Promoting public health with crowdsourced tick prevention / Co-Projektleiter:in / abgeschlossen
• Smartstones - KI für die Pflanzenzüchtung / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Neuronal Growth Modelling (BioDynaMo Initial Project) / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Infectiology++ - Germ Tracking / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Next Generation: Empfehlungssystem mit neuronaler Intelligenz / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Efficient Urban Pluvial Flood Simulation / Teammitglied / abgeschlossen
• Comprehensive Sales Forecasting for Supply Chain Optimization in Food Industry / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Multi-Asset Investment Process using Bayes Ensembles of Trading Models / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Intelligent sensor-based assistance system for retail / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Entwicklung eines auf Bayes Netzwerken basierenden Expertensystems und seiner Anwendung in einer konkreten Marktsituation. / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Precision Farming: Fernaufklärungsanalysen in Rebbergen / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Clustering of high-throughput flow-cytometry data / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Wirksamkeit von Kostform-Optimierungen in Schweizer Akutspitälern / Teammitglied / abgeschlossen
• Online-Clustering für Innovationsplattform / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Stauprognoseverfahren und -systeme / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Machbarkeitsstudie IR-basierte Obst-und Gemüse-Identifikation / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Optimale Ähnlichkeitsbestimmung für neuartige Kohärenzanalyse und Clustering / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Automatisierte Diskriminierung von Weinen / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Bestimmung der Kohärenz von Interessensgruppen: design-to-use software / Projektleiter:in / abgeschlossen
• Statistische Analyse der SENS Warenkorbanalyse / Projektleiter:in / abgeschlossen

Publikationen vor Tätigkeit an der ZHAW

• • T. Ott and R. Stoop; Benefits and Pitfalls of Belief Propagation-mediated Superparamagnetic Clustering. Physical Review E 74 (4): 042103, 2006. • M. Christen, A. Nicol, K. Kendrick, T. Ott and R. Stoop; Odour Encoding in Olfactory Neuronal Networks Beyond Synchronisation. Neuroreport, 17 (14): 1499-1503, 2006. • M. Christen, A. Kohn, T. Ott and R. Stoop; Measuring Spike Pattern Reliability with the Lempel-Ziv Distance. Journal of Neuroscience Methods, 156: 342-350, 2006. • T. Ott and R. Stoop; The Neurodynamics of Belief Propagation on Binary Markov Random Fields. Advances in Neural Information Processing Systems NIPS ’06, 2006. • R. Stoop and T. Ott; Towards a Quantitative Theory of Biocomputation. Proc. of NOLTA ’06 Bologna, 2006. • N. Stoop, T. Ott and R. Stoop; Loopy Belief Propagation: Benefits and Pitfalls on Ising-like Systems. Proc. of NOLTA ’06 Bologna, 2006. • T. Ott, A. Kern and R. Stoop; Faster Spike Sorting with Belief Propagation. Proc. of NOLTA ’06 Bologna, 2006.
• • A. Kern, T. Ott and R. Stoop; Acoustic Source Separation by Atomic Signal Decomposition. Proceedings of NOLTA ’06 Bologna, 2006. • A. Kern, T. Ott and R. Stoop; Source Separation by Atomic Signal Decomposition. Proc. of NDES’06, p. 77-80, 2006. • T. Ott, M. Christen and R. Stoop; An Unbiased Clustering Algorithm Based on Self-organisation processes in Spiking Neural Networks. Proc. of NDES’06, p. 143-146, 2006. • Y. Uwate, T. Ott, R. Stoop and Y. Nishio; Performance of Feedforward Neural Network with External Influence Function for Back Propagation Learning. RISP InternationalWorkshop on Nonlinear Circuits and Signal Processing (NCSP’06), 2006. • T. Ott, A. Kern, W.-H. Steeb and R. Stoop; Sequential Clustering: Tracking Down the Most Natural Clusters. Journal of Statistical Mechanics: theory and experiment: P11014, 2005.
• • M. Christen, T. Ott, A. Kern, N. Stoop and R. Stoop; Periodic Economic Cycles: The Effect of Evolution and Control. Journal of Statistical Mechanics: theory and experiment: P11013, 2005. • T. Ott, M. Frey, R. Stoop; Criticality and Computation in Random Threshold Networks with Noise. Proc. of NOLTA 2005 Bruges, 2005. • T. Ott, J. Dauwels and R. Stoop; Sequential Clustering by Loopy Belief Propagation. Proc. of ECCTD 2005 Cork, 2005. • T. Ott, A. Kern, A. Schuffenhauer, M. Popov, P. Acklin, E. Jacoby and R. Stoop; Sequential Superparamagnetic Clustering for Unbiased Classification of High-dimensional Chemical Data. Journal of Chemical Information and Computer Sciences, 44 (4): 1358-1364, 2004.
• • J.-J. van der Vyver, M. Christen, N. Stoop, T. Ott, W.-H. Steeb and R. Stoop; Towards Genuine Machine Autonomy. Robotics and Autonomous Systems, 46 (3): 151-157, 2004. • T. Ott and R. Stoop; Human-like Perception Using Sequential Superparamagnetic Clustering. Proceedings of NOLTA’04 Fukuoka, 2004. • T. Ott, W.-H. Steeb and R. Stoop; The Stochastic Network Approach to Clustering. Proc. of NOLTA’04 Fukuoka, 2004.   • M. Christen, T. Ott and R. Stoop; Spike Train Clustering Using a Lempel-Ziv Complexity-based Distance Measure. Proc. of NOLTA’04 Fukuoka, 2004.

Interessenbindungen

Aktuelle Interessenbindungen

• Prognosix AG: Member of Board of Directors
  Mitglied Verwaltungsrat, Zürich
  03 / 2017 - heute
• Life Sciences Zurich Business Network: Vorstandsmitglied LSZBN
  Vertretung Departement LSFM im Vorstand des Life Sciences Zurich Busniness Network, Zürich
  06 / 2024 - heute
• Biotechnet Switzerland: Member of executive board of Biotechnet
  Member of the executive board of Biotechnet. Vertretung des Instituts ICLS im Netzwerk, Muttenz
  01 / 2025 - heute

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