MALDI-TOF MS Analyse zur schnellen und effizienten Identifizierung von Mikroorganismen in komplexen Systemen am Beispiel Kakaobohnen-fermentation
Auf einen Blick
- Projektleiter/in : Prof. Dr. Susanne Miescher Schwenninger
- Projektteam : Susette Freimüller Leischtfeld, Prof. Dr. Christian Hinderling, Dr. Ivana Kroslakova
- Projektvolumen : CHF 25'000
- Projektstatus : abgeschlossen
- Drittmittelgeber : Interne Förderung
- Kontaktperson : Susanne Miescher Schwenninger
Beschreibung
Eine komplexe Zusammensetzung an Mikroorganismen findet man in
den verschiedensten Bereichen. Nebst
natürlichen Biofilmen und dem Einsatz von immobilisierten
Mikroorganismen in der Abwassertechnik
und Abfallbeseitigung zählen dazu vor allem auch
Lebensmittelfermentationen. Am ILGI/ZLE soll der
Fachbereich „Lebensmittelfermentationen“ in der Fachgruppe
Mikrobiologie neuaufgebaut resp. weiter ausgebaut werden. Die
Thematik der Sauerteige wurde im Rahmen einer Anschubfinanzierung
(2009) bereits sehr erfolgreich aufgenommen. In einem gemeinsamen
Projekt des ILGI/ZLE und ICBC wurde dabei die MALDI-MS Methodik zur
Identifizierung von Milchsäurebakterien aus Sauerteigen entwickelt.
Die Thematik der Kakaobohnenfermentationen wird derzeit im Rahmen
einer Anschubfinanzierung (2011/1) am ILGI/ZLE initiiert. Aufbauend
auf den im oben genannten Sauerteig-Projekt gewonnen Daten, soll
die MALDI-MS Methodik als wichtiges Hilfsmittel im
Kakaobohnen-Projekt erprobt und weiter optimiert werden. Dabei soll
v.a. auch die MALDI Datenbank entsprechend ausgebaut und die
Methodik dahingehend optimiert werden, dass das Probenmaterial in
eine stabile Form gebracht werden kann. Es soll dadurch möglich
sein, z.B. fermentierte Kakaobohnen im produzierenden Land (v.a.
Elfenbeinküste, Ghana und Brasilien) zu sammeln und zu einem
späteren Zeitpunkt in der Schweiz zu analysieren. Das
Anwendungspotenzial der MALDI-MS Methodik wird dadurch deutlich
erhöht.
Die gegenwärtig eingesetzte MALDI-MS Methodik erlaubt die schnelle
Identifizierung von (in der Datenbank
bekannten) Mikroorganismen. Hierzu ist eine (kurze) Kultivierung
notwendig. Aus technischer und
wissenschaftlicher Sicht wäre jedoch die (echtzeit-) Kenntnis des
zeitlichen Verlaufs der verschiedenen an
Fermentationen beteiligten Populationen äusserst wertvoll. Im
Rahmen dieses Projektes soll nach der
erfolgten Identifizierung der relevanten Mikroorganismen das
grundsätzliche Potenzial der MALDI-MS Methodik
zur (zeitaufgelösten) Profilierung eines Fermentationsprozesses an
diesem System abgeklärt werden.