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Referenzprojekte der Forschungsgruppe Umweltgenomik und Systembiologie

Ralstonia solanacearum in Oberflächengewässern

Die Braunfäule der Kartoffel gilt als eine der gefährlichsten Pflanzenkrankheiten für die Schweizer Landwirtschaft. Ziel des Projekts ist die Entwicklung eines molekularbiologischen Schnelltests für den Nachweis der wichtigsten Ralstonia-Arten aus Proben von Oberflächengewässern. Die Beteiligung des Eidgenössischen Pflanzenschutzdienstes (EPSD) und der Agroscope betont die Wichtigkeit dieses Monitoring-Tools. Partner wie Eawag und WSL unterstützen das Projekt mit ihrem Know-how.

Projektpartner: Bundesamt für Landwirtschaft BLW / Eidg. Pflanzenschutzdienst, Eawag, Eidg. Forschungsanstalt für Wald, Schnee und Landschaft WSL, Agroscope
Weitere Informationen: Projektwebseite

Schutz von Apfelwälderökosystemen in Zentralasien vor dem bakteriellen Pathogen Erwinia amylovora

Feuerbrand ist eine schwerwiegende bakterielle Krankheit von Apfel- und Birnbäumen, die innerhalb kürzester Zeit eine Anlage zerstören kann. In den letzten Jahren hat die Krankheit Zentralasien erreicht, wo Kernobstbäume die dominante Spezies in Mittelgebirgswäldern darstellen und somit die Grundlage ganzer Ökosysteme bilden. Feuerbrand stellt daher nicht nur für die vorhandene genetische Diversität der einheimischen Apfelbäume eine Gefahr dar (Zentralasien ist der Ursprungsort aller domestizierten Apfelspezies), sondern bedroht auch die davon abhängigen pflanzlichen und tierischen Arten sowie die lokale Landwirtschaft. Ziel dieses r4d-Projektes ist, die Auswirkungen von Feuerbrand auf Wälder in Zentralasien zu verstehen und ihnen entgegenzuwirken, indem wir an die lokalen Bedingungen angepasste feldtaugliche diagnostische Prozeduren entwickeln, das Verbreitungsmuster der Krankheit im Wald untersuchen und angepasste Pflanzenschutzmassnahmen und Konservierungsstrategien fördern.

Projektpartner: Kyrgyz-Turkish Manas University (Kirgisistan), Tethys Scientific Society (Kasachstan), Fauna & Flora International (Grossbritannien/Kirgisistan/Tadschikistan).
Auftraggeber: SNF, Grant IZ08Z0_1177515
Laufzeit: 2018 – 2022
Weitere Informationen: Swiss Programme for Research on Global Issues for Development

XhortOMICs: Diagnostische und epidemiologische Hilfsmittel für die Xanthomonas hortorum Spezies Gruppe

Bakterien des vielfältigen Genus Xanthomonas können verschiedene Pflanzenkrankheiten in ökonomisch wichtigen Pflanzen verursachen. Eine der Bakterienarten, welche in den letzten Jahren in Feldproben vermehrt identifiziert wurde, ist Xanthomonas hortorum. Die Zunahme der von diesem Bakterium verursachten Krankheiten zeigt, dass wir dringend sowohl ein vertieftes Wissen über dieses Pflanzenpathogen als auch eine verbesserte Diagnostik für seine Detektion brauchen. Letzteres erfordert genauere Kenntnisse der genetischen Diversität und eine robustere taxonomische Beschreibung dieser Bakterienart auf Subspezies-Ebene, was nur mit Genomsequenzierung von möglichst vielen Isolaten unterschiedlicher Wirtsspezifizität («Pathovars») erreicht werden kann. Die im Projekt gewonnenen Daten werden zudem Informationen über jene Gene liefern, welche die Spezifizität der einzelnen Pathovars steuern.

Wir werden die Resultate aus unserer Studie regelmässig an Meetings dieser COST Action präsentieren. Daneben werden wir auch einen Weiterbildungskurs anbieten, um MALDI-TOF MS Identifikation und Diagnostik-Methoden wie qPCR und LAMP an Forschende und weitere Interessenten zu vermitteln. Dieses Projekt ist Teil der COST Action CA16107 – «EuroXanth: Integrating science on Xanthomonadaceae for integrated plant disease management in Europe», in dem die Gruppe Umweltgenomik eine der Arbeitsgruppen (WG2) leitet.

Projektpartner: Université Lyon 1 (FR), INRA Angers (FR), Flanders research institute for agriculture, fisheries and food ILVO (BE), COST Action CA16110 EuroXanth partners.
Auftraggeber: SNF, Grant IZCOZ0_177064
Laufzeit: 2018 – 2021
Weitere Informationen: COST Action CA16107EuroXanthWG2